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城鎮污水處理廠接納醫療污水時，進水中可能存在過量余氯，導致活性污泥活性的降低或抑制，影響生物處理單元的正常運行，因此需對活性污泥性狀加強觀測，醫院污水占比較高的污水廠還應對進水余氯進行監測。進水余氯含量較高時可采取適當增加污泥回流比，減少剩余污泥排放量，提高污泥濃度，適當增大曝氣量的措施，必要時補充新鮮污泥，嚴重時需在污水進入生化系統前投加還原劑脫氯確保污水處理效果。 
氯能夠殺死污水中的有害生物，也能夠殺死天然水體中的有益生物，所以需要控制總余氯的量，并不是越多越好。換言之，污水處理單位在消毒劑尤其是含氯消毒劑的使用上，既要嚴守下限，足量投放，確保消毒殺菌效果；也要控好上限，適度投放，避免給水環境造成其他負面影響。 城鎮污水處理廠應確保現有消毒單元穩定運行。對于未建消毒單元的污水處理廠，因地制宜增加應急消毒裝置，如出水可采取投加含氯消毒劑或臭氧消毒裝置等措施，保障充足消毒接觸時間；對于采用紫外線消毒的，建議要加大紫外線輻照強度，或出水端臨時增加含氯消毒設施；確保出水糞大腸菌群數指標達到《城鎮污水處理廠污染物排放標準》（GB 18918-2002）要求。 加強污水處理監管，完善應急預案。密切關注污水廠進水余氯指標變化情況，及時采取有針對性的措施，確保出水達標。加強消毒工藝單元管控及尾水消毒工作，確保尾水特別是糞大腸菌群指標達到《城鎮污水處理廠污染物排放標準》（GB18918-2002）。加強管網巡查，降低污水管網堵塞風險，確保管網系統暢通，發現問題及時上報、維修。運行管理和操作人員有可能接觸到污水、污泥的生產區域（場所），加強衛生清掃的同時，還要對作業區、垃圾暫存區及周圍環境進行噴灑消毒。運行管理人員應始終佩戴口罩和手套等防護用品，做到勤洗手、勤消毒、少觸摸。
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