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要評價一條河流水生態環境質量，先要確定水生態環境質量評價的要素，并確定參照狀態。一般來講，主要的評價要素包括水體理化參數、物理生境和生物類群，而生物類群又包括大型底棲動物和著生藻類兩大類。 1.河流水質檢測標準 《HJ 915-2017地表水自動監測技術規范（試行）》 《“十四五”國家地表水監測及評價方案（試行）》
2.河流水質檢測項目
《“十四五”國家地表水監測及評價方案（試行）》中提出河流水質檢測按“9+X”進行監測，按“5+X”進行評價，即：“9+X”是指“十四五”國家地表水監測模式，“5+X”是指“十四五”國家地表水評價模式。 “9”為國控水站配置的水溫、pH、濁度、電導率、溶解氧、氨氮、高錳酸鹽指數、總磷、總氮等9項基本監測指標；未建水站的國控斷面開展人工采測分離監測。“X”為《地表水環境質量標準》（GB3838-2002）表1基本項目中，除9項基本指標外，上一年及當年出現過的超過III類標準限值的指標；若斷面考核目標為Ⅰ或Ⅱ類，則為超過Ⅰ或Ⅱ類標準限值的指標。特征指標結合水污染防治工作需求動態調整。“X”指標開展人工采測分離監測。 
3.河流水質檢測項目頻次
河流水質檢測頻次也不能一概而論。9項基本指標：建有河流水質自動監測站的斷面，開展實時、自動監測；未建河流水質自動監測站的斷面，按照采測分離方式開展人工監測（湖庫增測葉綠素a、透明度等指標），監測頻次根據實際情況確定。“X”特征指標：按照采測分離方式開展人工監測，河流水監測頻次根據實際情況確定。
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